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La recherche en sciences de la vie et en santé en Rhône-Alpes

Interview de Isabelle MAGNIN

© Inserm E. Begouen
Directrice de CREATIS

<< La qualité du site lyonnais est de combiner plusieurs éléments de haut-niveau : biotechnologie, imagerie et recherche clinique, starification, Aviesan, simulation numérique, médecine personnalisée, biologie de synthèse, imagerie, nanotechnologies >>.

Date : 15/02/2013

Propos recueillis par Ludovic Viévard, le 15 février 2013 dans le cadre des réflexions du Grand Lyon sur l'avenir des biosciences dans la métropole lyonnaise.

Quel est le paysage de la recherche académique de la métropole lyonnaise concernant les sciences de la vie et de la santé ?

Si on associe biologie, recherche clinique, imagerie médicale, mathématiques et informatique, Lyon est très bien placée. Cependant la pluridisciplinarité est compliquée à orchestrer et l’un des problèmes, à Lyon, est le manque de visibilité de certains secteurs Amont. En effet, Il y a des pôles avec des étiquettes bien différenciées — ce qui est bien, mais parfois réducteur et donc problématique.

A Gerland, étiquetée biotechnologie, on trouve essentiellement de la biologie, tout ce qui se situe au niveau de la cellule, y compris le vaccin. L’infectiologie est un point fort (IRT, Biopole). Le pôle Est est centré sur la médecine : l’être humain, la santé, l’imagerie clinique (neurologie, cardiologie). Il s’agit essentiellement de la recherche hospitalière, comme à Lyon Sud. Quant à la Doua, qui est labellisé éco-tech, on y trouve beaucoup plus largement de fortes compétences en recherche Amont sur les méthodologies, en ingénierie du vivant, en modélisation, qu’il s’agisse d’instrumentation, d’imagerie, de modèles mathématiques ou informatiques.

La qualité du site lyonnais est de combiner plusieurs éléments de haut-niveau : biotechnologie, imagerie et recherche clinique — avec une forte dynamique entrepreneuriale et internationale —, recherche Amont — notamment en mathématiques et en informatique haute performance. Sur ce dernier point, les grilles de calcul, spécialité de l’informatique de réseau, constituent un vrai point fort entre les sites de la Doua (CC IN2P3, Creatis) et Gerland (ENS, LIP...). La Grille européenne (EGI : Europ. Grid Initiative) consiste à mailler toute l’Europe pour effectuer des calculs de modélisation en physique (CERN) mais également sur le vivant. A noter que Lyon et Clermont ont été les précurseurs en Europe pour le déploiement d’applications en biologie (Clermont) et en médecine (Lyon Creatis) avec l’appui du CNRS.

Comment se positionne Lyon par rapport à d’autres sites français ?

Lyon a une taille qui lui permet de rivaliser avec de grands centres mondiaux. Ses points forts sont d’associer les sciences du vivant (biologie-santé, neurologie, cardiologie, etc.) et l’imagerie (en particulier la dimension in vivo, avec l’obtention de l’infrastructure France Life Imaging), avec des forces académiques en spectroscopie et imagerie par résonance magnétique (SRM et IRM), en ultrasons et en traitement d’image. A cela il faut ajouter la présence d’industriels en informatique (comme Kitware et d’autres) et en services. L’interdisciplinarité est une vraie force. En revanche, nous avons un besoin d’aide urgent pour financer de l’imagerie IRM sur le petit animal avec une plateforme à très haut champ unique à la Doua (Insa), qui va regrouper sur 900 m² toutes les modalités d’imagerie dédiées à la recherche Amont et au petit animal (souris). Il s’agit d’une étape indispensable avant le passage à l’humain fait sur les sites cliniques. Or, si nous ne rassemblons pas 2,5 a 3 millions d’euros d’ici 2014, les chercheurs compétents de Lyon, et notamment de mon laboratoire, partiront à Marseille ou à Paris (Neurospin), car ces centres sont bien mieux équipés que nous. C’est LE point noir pour moi actuellement : ces mêmes chercheurs, qui font fonctionner l’IRM 7 Teslas du Cermep, s’arrêteraient du même coup…

Marseille a de très bons laboratoires en neurologie et en imagerie par résonance magnétique (IRM) — un vrai point fort —, avec quelques laboratoires dans l’optique et l’acquisition de signal. Ils sont très bons dans leur domaine mais avec un spectre moins large que Lyon.

Bordeaux est très bien placé également et, depuis quelques années, c’est un vrai compétiteur pour Lyon. La force de Bordeaux est d’arriver à fédérer des laboratoires pour constituer de très gros laboratoires sur les aspects modélisation, informatique, maths. Ils ont fait un effort important d’équipements et d’investissements en imagerie clinique, avec des chercheurs et des radiologues rassemblés. En biotechnologie, je connais moins ce qu’ils font, mais ce n’est pas un aspect qui ressorte particulièrement. Enfin, ils bénéficient d’un bon tissu industriel et avec des entreprises dynamiques.
Le gros point fort de Strasbourg, c’est la robotique assistée, la télé-chirurgie, avec de l’imagerie clinique. Ils sont plus petits que Lyon mais très pointus et reconnus sur leurs spécialités. Ils bénéficient aussi du statut particulier de Strasbourg qui permet à un laboratoire de facturer des examens à la Sécurité Sociale (!), ce qui est impossible ici. Compte tenu des difficultés de financement de la recherche publique, c’est un plus !

A Toulouse, il y a le Laboratoire d’analyse et d’architecture des systèmes (LASS) qui est un gros institut du CNRS, ainsi que l’Institut de recherche en informatique (IRIT). Mais le positionnement de Toulouse, c’est surtout l’automatique, l’aéronautique. Sur le vivant, ils ressortent moins.
Quant à Paris, c’est énorme et… très favorisé. Il y a un fossé énorme entre Paris et la province sur les soutiens en investissement et les réponses aux appels d’offre nationaux qui privilégient toujours Paris d’une manière étonnante….
La province, dont Lyon, n’est pas assez visible.

La recherche reste donc très concentrée et centralisée ?

Oui. Mais le problème de Paris, c’est qu’ils ont effectivement d’excellentes pointures, des prix Nobel, etc., qui font la pluie et le beau temps, et d’autres chercheurs très moyens. Or, beaucoup de laboratoires déclinent et vivent sur la réputation des grands noms de la recherche qui leur permettent d’obtenir des crédits. C’est un vrai problème parce qu’ils aspirent les financements disponibles. Sur les Investissements d’avenir, par exemple, les jurys internationaux n’avaient pas classé certains Parisiens qui ont cependant été repêchés par les membres des comités de pilotage qui sont tous parisiens. Il y a un lobbying majeur qui s’exerce du fait de la proximité des ministères… Étant à Paris un à deux jours par semaine, je le constate.

Vous avez parlé des atouts de la recherche lyonnaise, quelles sont ses faiblesses ?

Un des gros défauts de Lyon est de ne pas être suffisamment présente à Paris, dans les centres décisionnaires.. Il faut certes aller à Bruxelles, mais également à Paris, de manière régulière, siéger dans les instances stratégiques. Si Lyon n’y va pas, elle amenuise ses chances dans la compétition nationale. Je crois que les chercheurs ne se rendent pas compte à quel point c’est important. Pourtant Paris n’est qu’à deux heures de train ! Cela pourrait être un atout face à Marseille, Bordeaux ou même Grenoble. Et quand on parle de la Région Rhône-Alpes à Paris, Grenoble est beaucoup plus présente ; je parle de la composante recherche. Il faut dire que Lyon est une ville de tradition commerçante ; les chercheurs n’y sont pas très bien considérés et les campus à peine signalés.

Ailleurs, inclus aussi l’échelle internationale ?

Oui, c’est nécessaire de se faire reconnaître à l’étranger mais je dirais que c’est déjà largement le cas pour les équipes de rang international. Nous avons ici des laboratoires de ce niveau, connus et reconnus dans le monde par les chercheurs de leur spécialité. Le Pr S. Pizer, par exemple, chercheur américain et pape de sa discipline, souhaite venir à CREATIS, pour plusieurs mois voire un an. On peut également constater cette reconnaissance avec l’arrivée de Philips qui à retenu Lyon comme un des cinq sites dans le monde où implanter un de ses futurs équipements d’imagerie spectrale en RX. Le problème est un manque de visibilité ou de reconnaissance de manière générale, à l’extérieur des disciplines des laboratoires.

A quoi cela tient-il ?

Je crois que cela est à relier au manque d’attractivité des campus de Lyon (je ne parle pas de la science qui est bonne). Le Campus n’est que très peu indiqué (pas de signalisation ad hoc), et puis où loger les chercheurs qui viennent ? Nous recevons très souvent des pointures, mais nous ne pouvons pas les accueillir correctement. Il faudrait un hôtel de standing sur le campus de la Doua, à Gerland. Je vais souvent en Chine où je monte un laboratoire. Les Chinois sont en train de construire un bâtiment dans lequel je dispose de 1300 m². Quand j’y vais, je suis logée dans l’hôtel de l’université sur le campus… Quand je reviens en France, je suis frappée par la différence : Paris, où plus rien ne bouge, ou presque !, est un musée par rapport à Shanghai qui vit à 100 km/h. Et à Lyon, à la Doua en tout cas, on se paupérise. L’état des bâtiments, le manque de moyens (qui devraient arriver avec le plan campus… mais en 2016 !) : il y a urgence. La réfection actuelle des espaces est vraiment bienvenue.

L’absence de « chercheurs stars » joue-t-elle dans le manque d’attractivité de Lyon ?

Il y a d’excellents chercheurs ici mais ils ne sont pas « starifiés » parce que cette « starification » se fait beaucoup à Paris. Quand je suis à Paris, on me demande souvent des noms connus pour être dans tel ou tel comité, etc. Finalement, ce système est une prime à la « starification », on nomme toujours les mêmes et ceux-ci finissent par être plus connus, à qualité égale de travaux avec d’autres excellents chercheurs. C’est pour cette raison qu’ils sont toujours nommés. Un autre problème est la difficulté à mettre en avant des femmes, qui sont souvent citées en second, derrière des hommes moins compétents qu’elles mais beaucoup plus sûrs d’eux !

Qu’est-ce que Aviesan et quel rôle joue-t-elle dans le pilotage de la recherche ?

Aviesan (Alliance du Vivant et de la Santé) a pour objectif la coordination scientifique et opérationnelle des acteurs de la recherche française en sciences de la vie et de la santé. En pratique, celle-ci contribue à fédérer et faire dialoguer entre eux les partenaires nationaux de recherche académique, les hospitaliers et les principaux industriels du secteur des sciences de la vie et de la santé. Elle est dirigée par le Président-directeur général de l’Inserm, André Syrota, et son directeur adjoint, le Directeur de l’Institut des sciences biologiques (INSB) du CNRS, Patrick Netter. Le Conseil de Aviesan est constitué des directeurs et directeur-adjoints des dix instituts thématiques multi-organismes (ITMO) qui la constituent (exemple ITMOS « Cancer », « Santé publique », « circulation, métabolisme, nutrition », etc., et « technologies pour la santé », dont je suis la Directrice adjointe. Avec le temps, Aviesan s’est renforcée et a pris de l’importance vis-à-vis du gouvernement. Elle a réussi à construire son rôle d’intermédiaire entre la communauté scientifique française et les structures de l’État (ministères, ANR, etc.) qui la consulte pour avis et la mandate pour oeuvrer à une meilleure cohérence nationale de la recherche (investissements d’avenir, etc.). Aviesan a donc un rôle structurant mais est davantage connue du ministère que des chercheurs car elle ne donne pas de financements directs et n’a pas de rôle d’évaluation directe des laboratoires.L’ITMO des Technologies pour la santé (TS) est transversal : il est centré sur les thèmes suivants : imagerie, e-santé, chirurgie et techniques interventionnelles, bio-technologies-bioingénierie et médicament. Nous nous appuyons sur un ensemble de conseillers, experts scientifiques, que l’on réunit tous les 15 jours. En principe, ceux ci viennent de toute la France. En pratique, ceux qui sont à Nice, Marseille ou Bordeaux viennent moins, ce qui fait qu’à la fin, il n’y a plus que des Parisiens. On ne peut pas en vouloir aux chercheurs qui sont écrasés de travail (car ils manquent d’aide sous la forme d’ingénieurs et d’administratifs), mais malheureusement le poids de Paris est renforcé. Nous invitons les chercheurs porteurs de projets nationaux ou européens à les exposer afin que les conseillers aient une bonne connaissance de l’actualité de la recherche dans l’ensemble des secteurs que couvre l’ITMO TS.Nous traitons également les grands sujets qui nous semblent délicats afin de jouer notre rôle de conseil stratégique auprès des pouvoirs publics. Par exemple, la question de la dangerosité potentielle des variations de champs magnétiques subies par les personnels soignants qui se déplacent autour du malade (le malade lui ne court aucun risque) a conduit la Commission européenne à proposer une directive qui, si celle-ci restait en l’état, ferait qu’aucun radiologue/manipulateur à l’IRM ne pourrait plus exercer son métier ! Nous avons donc créé un groupe de travail scientifique et technique en invitant des experts et, grâce à des chercheurs relais, nous intervenons directement à Bruxelles pour faire évoluer techniquement la directive afin de garantir la sécurité sans bloquer le système. Nous avons un rôle de veille et de réflexion sur ces questions pour aider les ministères de la Santé et de la Recherche à mieux orienter leurs décisions.La simulation numérique in silico (c'est-à-dire par ordinateur) est un autre sujet sur lequel nous allons engager un chantier prospectif pour faire l’état des lieux de ce qui existe et de ce qui pourrait aider à son développement en termes de recherche et de formation initiale, en particulier, des professionnels de santé.Avec les mêmes intentions, un rapport est en préparation sur les nanotechnologies. Mon rôle en tant que Directeur adjoint est de proposer des groupes de travail, de proposer des experts en France — et j’essaie de pousser au maximum les experts de province —, d’être force de proposition vis-à-vis de l’ANR, etc.

Côté sciences de la vie et santé, quels sont les champs que vous voyez émerger ?

La simulation numérique, dont je parlais, est un domaine à forts enjeux, notamment en biologie et en santé. La bio-informatique (au sens français, c'est-à-dire limitée à l’étude des gènes, protéomes, cellule) en fait partie. L’objectif est de parvenir à simuler le vivant à toutes les échelles : de l’attaque d’une cellule par un virus à la maladie dans son contexte, c'est-à-dire à l’échelle du corps du malade. Nous avons besoin, par exemple, de simulateurs pour entraîner les chirurgiens (comme les simulateurs d’avion pour les pilotes) mais ceci est difficile car le vivant est compliqué, le corps est mou, les tissus traversés par du sang… Les modèles mathématiques et numériques sont très complexes avec encore beaucoup d’inconnues. La simulation numérique est rentable, elle en est à ses débuts : elle peut contribuer à diminuer l’expérimentation animale, à limiter les examens subis par les patients, à réduire les coûts. Elle a donné naissance à des start’up dont certaines à Lyon.

Un second secteur d’émergence est la médecine personnalisée. Au lieu de donner le même traitement à tout le monde pour une maladie X, des personnes différentes bénéficieront de posologies différentes, selon leur profil. C’est donc une médecine à la carte, ajustée à la personne. C’est aussi une médecine "ubiquitaire" qui doit permettre à tous, de voyager n’importe où avec toutes ses informations médicales accessibles.

La biologie de synthèse est aussi un thème fondamental qui se développe.
Enfin, je citerai l’imagerie dans tous les domaines applicatifs (contrôle non destructif, multimédia, et a fortiori en vivant : biologie et santé) où nous avons des recherches théoriques à faire sur la complémentarité des modalités d’imagerie physique — ultrasons, imagerie par résonance magnétique, optique, rayons X — qui engagent de nombreuses disciplines, physique, chimie (agents de contraste, nanoparticules), mathématiques appliquées, traitement d’image jusqu’au dossier patient. Avec pour objectif le bénéfice du patient. De grands progrès sont encore attendus en imagerie médicale par ultrasons ou par résonance magnétique par exemple.
Également les nanotechnologies.

Sur ces domaines en émergence, comment la recherche lyonnaise se positionne-t-elle ?

Biologie-imagerie. En biologie, Lyon possède des équipes excellentes mais insuffisamment coordonnées. Résultat, les biologistes de Lyon ne sont pas dans le réseau national FBI (France Biological Imaging) qui est une infrastructure nationale des Investissements d’avenir ce qui est très dommageable pour le site.
Santé-imagerie. En revanche en Imagerie du vivant (imagerie clinique et pré-clinique consacrée au petit animal), tout le monde s’est mis autour de la table et le résultat est là : Lyon fait partie des 6 sites géographiques nationaux (Paris centre, Paris sud, Bordeaux, Grenoble, Marseille et Lyon) sélectionnés par le jury international pour faire partie de l’infrastructure France Life Imaging (FLI).
En recherche sur l’imagerie clinique, Lyon a de gros atouts. Lyon est suffisamment petite et bien positionnée pour avoir à la fois d’excellents laboratoires académiques et une relative proximité des hôpitaux.
En recherche sur l’imagerie pré-clinique, sur le petit animal, Lyon est très compétente théoriquement (physique, méthodologie, traitement d’image), mais en perte de vitesse. En effet, nous étions les premiers il y a 10 ans grâce à « Animage », aujourd’hui, nous sommes repassés en 3ème ou 4ème position derrière d’autres villes françaises parce que nous manquons d’un système IRM petit animal très haut Champ (11,7 ou 14 Tesla), tel que je l’ai mentionné plus haut et d’une remise à niveau des appareils existants. Avec ces imageurs nous étudions, par exemple, les précurseurs de la dégénérescence du cerveau (maladie d’Alzheimer ou Sclérose en plaque), également les pathologies liées au vieillissement (cardiovasculaire), etc. C’est d’autant plus ennuyeux que Lyon dispose de chercheurs et d’ingénieurs formés et très compétents, ainsi que des locaux à la Doua pour installer les appareils.
Simulation numérique, biologie et santé. En combinant ses compétences en simulation numérique, en imagerie et en biologie et santé, Lyon peut prendre une place de choix dans le peloton de tête, car elle a de forts atouts. Nous avons mentionné quelques faiblesses à compenser. Nous pouvons encore monter en puissance en interagissant mieux avec des soutiens financiers continus (les financements ponctuels faibles tuent la recherche car ils découragent les chercheurs qui passent leur temps à remplir des dossiers pour pouvoir enfin travailler… cela n’est absolument pas rentable pour la société en général).
Lyon est également bien placée pour les recherches concernant la médecine personnalisée.
Quand aux nanotechnologies à Lyon, celles-ci sont complémentaires de celles de Grenoble.

Comment mieux piloter et valoriser la recherche ?

L’hyper pilotage de la recherche fonctionne bien pour la recherche technologique. C’est ce qui se passe par exemple au CEA qui conduit, dans certains secteurs, une recherche très appliquée, très contrainte par les objectifs. Mais le futur, c’est la recherche Amont qui le prépare. Cette recherche académique, théorique, est également de très bonne qualité en France, mais elle ne fonctionne pas de la même façon. Dans cette perspective-là, les chercheurs doivent être beaucoup plus libres. J’essaie de mettre cela en place dans mon laboratoire : 70% d’objectifs définis et 30% de latitude. Un chercheur doit pouvoir suivre d’autres pistes. C’est comme cela qu’on peut voir émerger des résultats de rupture. Il faut recruter les meilleur(e)s, leur donner les moyens, et les laisser libres, avec de grands objectifs bien sûr ! C’est évidemment essentiel et c’est en se fixant de grands objectifs sur l’usage potentiel des grilles de calcul en imagerie médicale ou plus récemment la simulation numérique en médecine que mon laboratoire se distingue aujourd’hui sur ces questions.

Là où résident les difficultés, c’est dans le passage de la recherche Amont à la recherche appliquée. Pourquoi ? Parce qu’on manque d’accompagnement, en particulier d’ingénieurs de recherche qui travailleraient en tandem avec les chercheurs dont la charge de travail est souvent trop importante. Cela permettrait de booster les start-up. Nous en avons fait émerger 3 à Lyon depuis 10 ans (dont une qui a ensuite recruté 6 docteurs (Ph.D) formés au laboratoire). J’aimerais doubler ce nombre. Plusieurs jeunes chercheurs du laboratoire partent aux États-Unis, au Canada. J’essaie de faire en sorte qu’ils reviennent, mais nous manquons de moyens, en termes de plateformes technologiques de pointe et de moyens d’accompagnement de la recherche (supports administratif et ingénieurs) ce qui diminue notre attractivité. C’est un problème parce que nous avons à Lyon des compétences et des gens excellents et en France des possibilités de postes de chercheurs pérennes que nous envient nos voisins !

La stratégie d’Aviesan est-elle uniquement tournée vers la recherche Amont ou elle tient compte des problématiques industrielles ?

CoVAlliance est un comité de l’alliance Aviesan qui s’occupe de la valorisation. Il est piloté par l’Institut des technologies pour la santé. Dans CoVAlliance, un gros travail a été fait sur la création d’une charte unique permettant de rassembler les acteurs académiques et hospitaliers sous une seule bannière afin d’offrir un interlocuteur unique aux industriels désireux d’exploiter les résultats de recherches. C’est une véritable avancée mais encore faut-il faut que les chercheurs et les filiales de valorisation des établissements l’utilisent. La création prochaine des Sociétés d'accélération du transfert de technologies (SATT) devrait faire évoluer le paysage en facilitant la maturation de projets par de l’accompagnement. L’idée de CoVAlliance et des SATT, est de proposer un guichet unique afin de faciliter les démarches de transfert des chercheurs vers l’industrie (et réciproquement). Mais je pense personnellement que si l’on ajoute des structures, il faut en supprimer d’autres, ce que nous ne savons pas très bien faire en France…