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Les sciences du vivant au biopôle de Gerland

Interview de Alain COZZONE

fondateur et directeur de l'IBCP

<< Sciences du vivant : il n'y a pas de doute, les rapprochements disciplinaires s'organisent et produiront leurs effets >>.

Date : 18/09/2012

Propos recueillis par Caroline Januel le 19 septembre 2012Dans le cadre des réflexions du Grand Lyon sur le devenir des bioindustries et des biosciences sur son territoire.
Alain COZZONE, Professeur de Biochimie à l'Université de Lyon, fondateur et directeur de l'IBCP (Institut de Biologie et Chimie des Protéines) de 1990 à 2006, actuellement responsable scientifique de l'ARC 1 « Santé » (Communauté de recherche académique Rhône-Alpes) et conseiller scientifique pour le Forum mondial des Sciences de la vie « Biovision »
En 1990, naît l'idée d'installer sur le quartier de Gerland, déjà en pleine expansion, un centre de recherche dédié à l'étude de la structure et de la fonction des protéines. Deux ans plus tard, les premières équipes s'installaient dans un bâtiment neuf et moderne de 3500 m2. Depuis, l'IBCP a connu deux extensions de 1000 m2 et une nouvelle extension est actuellement en cours de réalisation dans le cadre du Plan Campus. Les singularités de l'IBCP résident dans son approche interdisciplinaire, dans la multiplicité des concepts et des approches expérimentales mis en œuvre,   dans la diversité des systèmes biologiques étudiés et dans l'association de la recherche, de la valorisation de la recherche et de la formation (accueil de doctorants, unités de valorisation, rattachement au pôle de compétitivité Lyonbiopôle...).
Nous avons interrogé Alain Cozzone sur sa perception du quartier de Gerland en général et du  biopôle en particulier, ainsi que sur les disciplines scientifiques présentes et leurs connexions.
N.B : Le biopôle de Gerland désigne la zone sud du 7e arrondissement où est concentré un grand nombre d'acteurs scientifiques des sciences du vivant de divers horizons : recherche publique, enseignement supérieur et entreprises. Elle est délimitée au nord par l'avenue Debourg, à l'ouest par le Rhône, au sud par le parc et le stade de Gerland et à l'est par la voie ferrée.Vous êtes le fondateur de l'IBCP, l'Institut de Biologie et Chimie des Protéines, implanté au sein du biopôle de Gerland, et vous en avez assumé la direction pendant 17 ans. Quel regard portez-vous sur le biopôle de Gerland ?

Depuis une dizaine d'années en particulier, l'évolution est considérable. De nombreuses initiatives et réalisations le prouvent : l'IRT (Institut de recherche technologique) dédié à l'innovation biomédicale en infectiologie, l'EISBM (Institut européen de biologie systémique et médecine), la plate-forme d'innovation Accinov dont la 1ère pierre a été posée en juillet 2012, l'installation de Genzyme en 2008, l'IGFL (Institut de génomique fonctionnelle) créé en 2007 mais qui a tardé à être opérationnel et avant cela bien sûr, le pôle de compétitivité Lyonbiopôle, labellisé en 2005... Citons aussi l'extension de l'IBCP dans le cadre du Plan Campus, l'extension du laboratoire P4 qui va presque doubler sa surface.

Le biopôle de Gerland est toujours en phase exponentielle de croissance, mais une remarque générale s'impose : ces projets sont annoncés, les 1ères pierres sont posées, mais un certain nombre d'entre eux tardent à être finalisés. C'est un peu un mal français, on annonce les choses puis elles piétinent. Certes, le contexte financier est difficile, la Région Rhône-Alpes et le Grand Lyon font déjà beaucoup, toutes les collectivités n'en font pas autant, mais il est essentiel d'aller au bout de ces projets, tant dans leur structuration que leur financement. Qu'en est-il du Plan Campus et de ses nombreuses dispositions ? A ce jour, seule l'extension de l'IBCP est lancée. Par ailleurs, qu'en est-il de l'IRT BioAster, labellisé en 2011, du CIRI, le Centre international de recherche en infectiologie inscrit au CPER (Contrat de plan Etat-Région) 2007-2013, ou encore de l'EISBM, qui est un projet unique en France que la capitale nous envie ? Quand seront-ils réellement opérationnels et prêts accueillir des équipes de recherche ? Les études ont été faites, les projets sont scientifiquement solides, les financements ne demandent qu'à être finalisés, allons jusqu'au bout !

Aux côtés des difficultés de mise en œuvre des projets que vous décrivez, la singularité du biopôle de Gerland réside-t-elle dans ses connexions à diverses disciplines scientifiques ?

La Biologie ne peut plus se suffire à elle-même, elle sait depuis longtemps qu'elle doit s'appuyer aussi sur les autres disciplines scientifiques, c'est un fait largement démontré. L'IBCP a été créé en 1990, même si cela a surpris quelques-uns à l'époque, je tenais à ce que les deux termes biologie et chimie des protéines apparaissent dans le nom de cet institut.

Sur Gerland, il est clair que toutes les disciplines complémentaires et nécessaires sont présentes et représentées par des gens de qualité. Par exemple, pour la Chimie, le laboratoire de Chimie de l'ENS dirigé par Philippe Sautet, pour la Physique, le laboratoire de Physique de l'ENS qui couvre des domaines très variés et notamment la Biophysique, les Mathématiques et l'Informatique, à l'IBCP qui abrite une antenne du PRABI (Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique), mais aussi l'IXXI (Institut des systèmes complexes) ou encore l'INRIA. Le potentiel scientifique existe et naturellement, des interactions ont déjà cours, mais il devrait y en avoir bien plus, et notamment avec la physique.

Comment expliquer qu'il n'y ait pas davantage de connexions disciplinaires entre des acteurs concentrés sur un même territoire ?

Collaborer n'est pas toujours facile, cela exige au préalable de parler un même langage et d'être convaincu de part et d'autres de l'intérêt de la démarche. Chacun doit apporter sa sensibilité mais beaucoup de scientifiques ont encore peur de perdre leur âme alors qu'il s'agit d'apporter son savoir-faire. On ne demande pas au biologiste de devenir physicien ou au physicien de devenir biologiste, cela n'est pas possible, mais juste un minimum d'interfaces pour se comprendre et collaborer, dans le vrai sens du terme, c'est-à-dire participer à l'élaboration d'une œuvre commune. Encore une fois le potentiel existe mais il n'est pas optimisé pour l'instant.

Mon expérience me pousse à croire que les échanges interdisciplinaires commencent très souvent par des initiatives personnelles. Je pense par exemple à celle de Francis Albarède un géochimiste de haute volée (laboratoire de Géologie de Lyon Terre, Planètes, Environnement - ENS Lyon) qui s'intéresse aux origines de la vie et s'est rapproché récemment de biologistes et de médecins. Dans le dernier appel d'offres de l'ARC 1 Santé (voir encadré), nous avons justement choisi de soutenir ce projet hors du commun. Les scientifiques prêts à travailler avec des spécialistes d'autres champs disciplinaires sont encore trop rares.

Les communautés de recherche académiques Rhône-Alpes : les ARCs
Issues de la Stratégie Régionale de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’innovation (SRESRI), les ARC font suite aux Clusters de recherche, réseaux de laboratoires de recherche publics de la région Rhône-Alpes qui ont contribué pendant 6 ans à structurer des communautés de recherche autour des principes de coopération et de coordination régionales. Il en existe 8 :
ARC 1 - Santé
ARC 2 - Qualité de la vie et vieillissement
ARC 3 – Environnement
ARC 4 – Énergies
ARC 5 - Cultures, Sciences, Sociétés et Médiations
ARC 6 - Technologies de l’Information et de la Communication et Usages Informatiques Innovants
ARC 7 - Innovations, mobilités, Territoires et Dynamiques Urbaines
ARC 8 - Industrialisation et sciences du gouvernement

L'ARC 1 « Santé » capitalise sur la dynamique de structuration impulsée précédemment par le dispositif des clusters de recherche, notamment celle engagée par le cluster de recherche 10 « Infectiologie ». Son objectif est de détecter et soutenir des projets de recherche émergents et originaux.
Dans ce contexte, l’ARC a défini les 6 axes prioritaires suivants : 1 – Infectiologie, 2 – Cancérologie, 3 – Nutrition pour la santé, 4 – Molécules bioactives, 5 – Bio-informatique et 6 – Sciences humaines, économiques et sociales en santé.

source : arc.rhonealpes

Vous citiez le projet de l'EISBM, l'Institut Européen de Biologie Systémique et médecine, comme unique en France... La Biologie systémique pourrait-elle devenir un atout singulier pour le biopôle ?
La Biologie systémique est par définition pluridisciplinaire. La Biologie, la Biochimie, l'Informatique, les Mathématiques, la Chimie, la Physique, les Sciences humaines et sociales sont convoquées au service d'un même objectif : répondre de manière spécifique et adaptée à une question d'ordre médical en intégrant l'ensemble des paramètres qui entrent en jeu. La Biologie systémique pourrait permettre de personnaliser davantage la médecine de demain. L'objectif est de ne plus proposer le même traitement à tous les individus mais de considérer davantage leurs antécédents, qu'ils soient génétiques (et avec les dangers que cela comporte) ou métaboliques, leurs parcours individuels, leurs réactivités, etc. Cette tendance existe déjà à l'heure actuelle mais la Biologie des systèmes pourrait apporter des réponses beaucoup plus précises et fines dans ce domaine.
En France, Lyon est clairement très bien armé pour jouer la carte de la Biologie systémique, mais ne doit pas tarder à se développer. En Europe, la Grande-Bretagne et le Luxembourg sont déjà très en avance. Nous avons là une opportunité de réaliser une opération de prestige, scientifiquement plus que valable et qui s'appuie sur des compétences locales. Il est urgent de concentrer les efforts sur ce champ-là.

Nous avons commencé à défendre la Biologie systémique avec Yves Laurent de façon tout à fait fortuite. En septembre 2009, après plusieurs mois d'enquête, j'ai rendu un rapport à Lionel Collet, alors Président de l'Université Lyon 1, s'efforçant de dégager des pistes d'actions pour développer davantage l'implantation de l'Université à Gerland. Parmi les propositions, il y avait la création d'un centre de biologie systémique. Pourquoi ? D'une part, parce qu'il s'agit véritablement d'un porte d'entrée vers la médecine de demain et d'autre part, parce qu'il y a les compétences nécessaires sur place et dans toutes les disciplines... Yves Laurent, déjà à Lyonbiopôle à l'époque, partageait tout à fait mon analyse. Nous avons identifié Charles Auffray, qui dirigeait alors l'unité de génomique fonctionnelle et de biologie systémique pour la santé de l'Institut de sciences biologiques (CNRS) de Villejuif pour prendre la tête de ce projet. Il était incontestablement le mieux placé pour lancer et développer un tel projet. Aujourd'hui, l'EISBM occupe des locaux au sein du campus Charles Mérieux et travaille déjà à la réalisation de nombreux projets européens mais il ne fonctionne pratiquement qu'avec des CDD ! Il faut continuer à aider l'EISBM à s'implanter, à faire émerger la Biologie systémique et aussi préparer la relève afin de « transformer l'essai ». Cet exemple est assez significatif de l'alerte générale que je formulais précédemment.

Comment les Sciences humaines et sociales (SHS), largement représentées sur Gerland au sein de l'ENS (Ecole normale supérieure), peuvent-elles contribuer à répondre à une question d'ordre biologique ou médical ?
Les collaborations entre des scientifiques de formation et d'expertise si différentes ne vont pas  toujours de soi mais il n'y a pas de doute, les rapprochements disciplinaires s'organisent et produiront leurs effets.
Par exemple, nous avons souhaité que les SHS pour la santé soient un des axes prioritaires de l'ARC 1 plutôt que de « saupoudrer » un peu de SHS dans tous les projets. Cela se fait régulièrement pour des raisons d'image mais apporte concrètement peu de choses. Dans le cadre de l'ARC 1, des chercheurs en SHS traitent des problématiques de santé à part entière. Il s'agit de chercheurs des Universités Lyon 1, Lyon 2, Lyon 3, de l'Université Pierre Mendès France et de l'IEP de Grenoble. Ils ont commencé à travailler dans le champ de l'infectiologie sur des aspects épidémiologiques, c'est-à-dire sur les facteurs influant sur la santé et les maladies. Ils collaborent pour cela avec des bio-informaticiens. Une large réflexion sur la vaccination est aussi menée : ses perceptions, les peurs qu'elle suscite chez certaines personnes, les motivations d'un refus de vaccination, les moyens d'agir pour préserver une couverture vaccinale efficace... Pour vous donner un autre exemple, dans le champ de la cancérologie, les SHS ont un rôle évident à jouer, en particulier sur tous les aspects psychologiques entourant le parcours de soins, de l'annonce de la maladie aux traitements, et au-delà. Cela ne relève pas de la cancérologie mais bel et bien des SHS appliquées à la santé.

Bien sûr, il y a des adaptations à faire en termes de langage, de points de vue, de méthodes, etc. et nous manquons de moyens, mais je reste optimiste sur l'issue de ces collaborations qui se mettent en place.

Des laboratoires de l'ANSM (Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé), anciennement Afssaps (Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé), dédiés au contrôle de vaccins à usage humain et le bureau de l'OMS (Organisation Mondiale de la Santé), dédié à la préparation et la réponse des pays aux épidémies, sont implantés également à Gerland. Ont-ils des liens avec les autres acteurs scientifiques du biopôle de Gerland ?
Certainement, mais je ne pourrai caractériser précisément ces relations. L'ANSM, en raison de ses activités, me paraît bien reliée aux réseaux locaux. Par exemple, Florence Fuchs, ancienne directrice du site lyonnais de l'Afssaps et actuellement Coordinateur au Bureau de l'OMS de Lyon, en charge du soutien au développement des capacités nationales pour la mise en œuvre du Règlement sanitaire international, participe au conseil scientifique de Biovision dont la prochaine édition aura lieu en mars 2013. Cette édition sera d'ailleurs particulièrement ouverte aux acteurs régionaux. Le bureau de l'OMS, en raison de ses activités tournées vers l'international, me paraît moins intégré dans les réseaux locaux.

Comment envisagez-vous l'avenir du biopôle de Gerland ?

Mettons d'abord en œuvre ce qui a été programmé au sein du Plan Campus, les différents projets d'extensions, l'hôtel pour accueillir des chercheurs de passage, un nouvel amphithéâtre, il y a encore des mètres carrés à valoriser au niveau de l'Université. Finalisons tout ce qui est en cours, consolidons l'EISBM, progressons plus vite sur l'implantation du futur CIRI (Centre international de recherche en infectiologie) et la structure de Lyonbiopôle sera ainsi consolidée.

La plate-forme d'innovation technique Accinov, l'IRT, l'hôtel prévu dans le cadre du Plan Campus, l'EISBM... tous ces projets permettront d'accueillir des nouveaux chercheurs, français ou étrangers, aux côtés des acteurs locaux. Cela signifie-t-il que l'accueil de nouveaux acteurs soit actuellement difficile à mettre en œuvre ?

L'accueil de chercheurs étrangers reste encore trop difficile. Faire preuve d'ouverture, en sciences comme ailleurs, est toujours bénéfique : l'accueil de nouveaux chercheurs, même de façon transitoire, dynamise les équipes. Je ne veux pas dire par là que « l'herbe est plus verte ailleurs ». Il y a d'excellents chercheurs français et nous savons les recruter. Par exemple, trois des quatre jeunes chercheurs soutenus par la fondation Finovi dédiée à l'innovation en infectiologie ont remporté une bourse d'aide au démarrage de jeunes équipes du Conseil européen de la recherche ou ERC (European Research Council). Ce dispositif est d'une grande sélectivité et récompense chaque année des chercheurs aux idées novatrices. Chacun de ces jeunes chercheurs a obtenu 1,5 million pour développer son projet.

Mais on gagnerait, en termes de renouvellement et de dynamisme scientifique, à avoir une politique d'accueil de chercheurs étrangers plus affirmée et plus claire. Charles Mérieux avait réalisé cela en son temps en créant la Chaire Mérieux au sein de l'ENS et avait permis l'accueil d'excellents scientifiques. Pourquoi ne pas renouer avec ce genre d'expérience et créer une Chaire « Grand Lyon » pour accueillir de grands chercheurs étrangers en limitant au maximum les tracasseries administratives qui sont dissuasives ?

Qu'en est-il du quartier de Gerland et des liens avec le biopôle ?

Le quartier m'apparaît encore comme une « ville-dortoir ». Dans la journée, on ressent une forte activité, le contraste avec le calme des soirées est saisissant, à l'exception bien sûr des soirs de matchs ou de spectacles, qui sont très animés. J'ai l'impression que l'offre de commerces et de restaurants a peu évolué depuis les années 1990. Le quartier de l'artillerie semble de plus en plus vivant mais cela prend du temps. Il me semble que l'âme de Gerland n'est pas encore visible, existe-t-elle seulement ? C'est difficile à expliquer mais Gerland n'est pas encore un quartier où les visiteurs ressentent une âme comme, par exemple, à la Croix-rousse.

Les personnes travaillant sur le biopôle ne paraissent pas vivre majoritairement dans le quartier. Il y a des cocons magnifiques sur le biopôle auxquels les habitants n'ont pas accès. Entre le biopôle et les habitants, il s'agit davantage d'une co-existence de deux entités bien distinctes que d'une cohabitation dans un seul et même quartier.
Malgré des opérations « portes ouvertes » de l'IBCP, notre participation à la Fête de la Science, des visites de  lycéens du quartier, je doute que les habitants connaissent bien le potentiel scientifique de leur quartier. Le dialogue sciences-société reste un vrai défi. Honnêtement, la seule fois où j'ai perçu un intérêt et de l'attente des habitants vis-à-vis des activités scientifiques de Gerland, c'était au moment de l'installation du laboratoire P4. Charles Mérieux avait su entendre, rassurer les habitants et gérer les oppositions. Il s'agit encore du seul laboratoire de ce type en France.

La méconnaissance du biopôle touche aussi les scientifiques eux-mêmes. Des entités brillantes se côtoient mais sans échanger réellement. Auparavant, l'AETG (association des établissements du technopôle de Gerland) travaillait à améliorer ces liens entre les acteurs scientifiques et industriels mais ses activités ont décliné peu à peu...  C'est dommage car leurs initiatives ne fonctionnaient pas mal et permettaient au moins aux professionnels de mieux se connaître.