Labellisé en mars 2000, Rhone-Alpes Genopole désigne à la fois un organisme et un réseau d'acteurs qu'elle contribue à structurer à l'échelle régionale. Hébergée depuis juillet 2002 au sein de la Fondation Rhône-Alpes Futur, elle est pilotée par un Comité de Gestion présidé par Bernard Bigot et dirigée par Jacques Joyard.
La Genopole développe et valorise des programmes de recherche en génomique fonctionnelle des organismes vivants. Elle s’appuie sur le réseau des laboratoires lyonnais et grenoblois pour mettre en place un plateau technologique intégré de très haute performance, reconnu au niveau national et international. Le développement de la recherche en génomique fonctionnelle s’articule autour de trois grands programmes :
Bioinformatique. Le PRABI (Pôle Rhône-Alpin de Bioinformatique) s’appuie sur une dizaine d’équipes de bioinformatique pour offrir l’accès web à de nombreux outils informatiques originaux (bases de données, logiciels). Il réalise aussi l’accompagnement bioinformatique de projets scientifiques dans les domaines de la génomique et de la post-génomique mais aussi de l’épidémiologie et la biodiversité.
Protéomique Analytique et Structurale. Les plates-formes du CePRA (Centre de Protéomique Rhône-Alpin) et de l’Institut de Biologie Structurale (en partenariat avec les grands instruments européens au sein du Partnership for Structural Biology) rassemblent des ressources humaines et technologiques uniques (spectrométrie de masse à haut débit, cristallographie aux rayons X ou par RMN) permettant d’accéder du gène à la protéine et ainsi d’analyser la dynamique des protéomes et la structure des protéines.
Exploration fonctionnelle des gènes. Les plates-formes ANI-Rhône-Alpes visent à étudier les rôles physiologiques des gènes dans les organismes vivants au moyen d’approches combinant la génétique expérimentale et le phénotypage par des technologies non invasives in vivo, comme les analyses du métabolisme, les analyses histopathologiques, et l’imagerie. Ce programme est centré sur Animage, une plate-forme multimodale d’imagerie du petit animal (imagerie 3D haute résolution, IRM, TEP…).
Un partenariat avec la Fondation Rhône-Alpes Futur assure le déploiement de cette offre technologique sur l’ensemble des communautés académiques et industrielles pour contribuer au développement économique de la filière biotechnologie française. Les investissements s'élèvent à 2.3 millions d’euros en 2003 et 1.9 millions d’euros en 2004 : 95 % du budget de la Genopole provient du Ministère de la Recherche. Rhône-Alpes Genopole compte aujourd’hui 17 salariés répartis sur les différentes plates-formes.