Plus de deux siècles d’existence
Le Muséum est né en 1879 sous l’impulsion de Jean-Baptiste Guimet, explorateur et industriel lyonnais. A la suite d’un voyage en Orient, ce dernier fait don de ses acquisitions à la ville de Lyon et fait construire dans le bâtiment qui abrite aujourd’hui le Muséum, un musée des religions. Devant la faible fréquentation, Guimet transfère ses collections à Paris et le lieu devient tour à tour une brasserie, une salle de sport et de musique et une patinoire. En 1913, il reprend ses fonctions initiales et devient le Muséum d’Histoire Naturelle et le musée des religions. Ce musée rassemble divers types de collections : objets de la préhistoire à nos jours, collections autour du monde vivant : mammifères terrestres et aquatiques, insectes, poissons, reptiles, etc. mais aussi autour du monde minéral : minéraux et fossiles d’animaux. Depuis 1991, le Muséum est géré par le Conseil général du Rhône, qui le finance entièrement.

Un nouveau tournant dans son histoire : le Muséum devient Musée des Confluences.
Le Muséum fait partie d’une nouvelle entité, appelée Pôle Sciences et Sociétés, regroupant avec lui le domaine de Lacroix-Laval, le Centre de Conservation et d’Études des Collections et le futur Musée des Confluences.
Depuis novembre 2002, les collections concernant les sciences de la vie et de la terre ont été regroupées au Centre de Conservation et d’Études des Collections. Ce centre, destiné aux chercheurs, permet une meilleure préservation des collections qui sont ponctuellement visibles par le public via des expositions temporaires. Ce Centre est situé Rue d’Anvers à Lyon.
Dès 2007, le projet du Musée des Confluences prendra vie. Ce nouvel espace de
20 000 m², situé au confluent du Rhône et de la Saône, sera conçu pour recevoir des expositions de sciences et de sociétés. Ces expositions aborderont la science via son implication dans le quotidien, l’environnement biologique et culturel de l’homme. Le Musée des Confluences permettra d’établir des collaborations entre les milieux scientifiques, culturels, industriels et pédagogiques.

Le Muséum propose des activités culturelles et des conférences autour des thèmes développés par les expositions.

Les différents services administratifs
Le Pôle Sciences et Sociétés regroupe environ 150 salariés contractuels ou cadres territoriaux répartis en différents secteurs : le Centre de Conservation et d’Études des Collections, le Service Expositions, le Service des publics, le Service Communication, le Domaine de Lacroix-Laval chargés de développer expositions et animations ouvertes sur les rapports entre nature et culture, jeux, enfance, connaissance et imaginaire.