Créé en 1994, le CIHAM est l’un des plus importants centres de recherche historique et archéologique sur le Moyen Âge chrétien et musulman. Rattaché à l'Institut des Sciences de l'homme (ISH) il regroupe une cinquantaine de chercheurs et enseignants chercheurs, archéologues, historiens et littéraires spécialistes de l'époque médiévale (Ve-XVe siècle), de l'Université Lumière - Lyon 2,  du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), de l'antenne lyonnaise de l’École des Hautes Études en Sciences Sociales (EHESS) et de l’École Normale Supérieure Lettres et Sciences humaines (ENS-LSH).

Les travaux des membres du CIHAM sont centrés sur la région Rhône-Alpes, la France méridionale, l'Italie, l'Espagne, le Maghreb et le Proche-Orient et s'insèrent dans un vaste réseau de collaborations internationales et interdisciplinaires. Ils traitent de multiples aspects des sociétés méditerranéennes. Ses recherches sont réparties en cinq équipes thématiques : 

— « L’organisation des espaces  », notamment la structuration des espaces urbains (tissu de la construction et aménagement matériel) et l'organisation du peuplement et des espaces ruraux (organisation territoriale et évolution des structures de l’habitat et de l’occupation du sol), en particulier sur le pourtour méditerranéen et l’espace rhônalpins ;
— « Savoirs, techniques et culture matérielle » qui, de l’agriculture au livre, aborde les grands domaines de l'histoire des sciences, des techniques et de l'économie, les voies et cycles du textile ainsi que l’histoire et l’archéologie des colorants naturels ;
— « Pouvoirs, échanges et contrôle social  », formée de plusieurs programmes qui portent respectivement sur « Crédit, échanges et conjoncture », « Fiscalité, sociétés urbaines et citoyenneté » et « Territoires, pouvoirs et gouvernementalité » ;
—  « Religion, espace, culture et communication  » qui étudie la diffusion et la communication du message religieux, les formes et les contenus culturels de la communication sociale, notamment à partir des sources produites par les Frères mendiants.
— « Genèse, structuration et circulation des textes et des langues dans la Romania médiévale » qui permet de faire converger les intérêts scientifiques et les angles d’approche des chercheurs littéraires et civilisationnistes dans l’aire romane médiévale (France, péninsule Ibérique, Italie…).

Par ailleurs, le CIHAM collabore à des programmes de recherche transversaux nationaux comme, « Histoire des savoirs » (ACI CNRS) — qui permet de rapprocher via des outils informatiques des corpus de la fin du Moyen Age, — et internationaux, notamment MIL.ORD, qui fédère les recherches sur les Ordres militaires au Moyen Âge en privilégiant l’espace du bassin méditerranéen : Péninsule ibérique, France méridionale, Péninsule italienne, Orient méditerranéen.

Le centre de documentation du CIHAM est constitué d’un fonds arabo-byzantin situé à la Maison de l'Orient Méditerranéen, ainsi que d’un fonds sur les sources d’histoire médiévale, l’histoire de l'Espagne et de l'Italie au Moyen Age, l’archéologie castrale principalement, formant au total plus de 12 000 volumes.