Créée en 1917 par un groupe d’industriels et d’institutionnels régionaux, cette fondation a initialement eu pour mission d’encourager l’enseignement des sciences appliquées à l’industrie et de contribuer à développer la région de Lyon et du Sud-Est.

Au cours des dernières années, la FSLSE a souhaité répondre à la mutation de l’opinion qui adopte une attitude d’interrogation, voire de défiance vis-à-vis de la science. Les réflexions sur les rapports entre sciences et industrie initiées par la Fondation prennent ainsi de plus en plus compte les questions sociétales. Les exemples les plus marquants de cette évolution sont l’organisation du Sommet Mondial des villes et des pouvoirs locaux (2003), le Forum pour une Mondialisation Responsable (2006) et surtout BioVision, le Forum Mondial des Sciences de la vie, qui se tient à Lyon sur un mode biennal. Ce forum d’ampleur internationale représente aujourd’hui la plus forte concentration mondiale de décideurs et de leaders d’opinion dans les domaines de la santé, de l’agroalimentaire et de l’environnement. 

La Fondation suit et gère d’autres projets en collaboration avec d’autres partenaires. Quelques exemples récents ou actuels d'actions :
- Recrutement de jeunes ingénieurs et techniciens supérieurs dans le cadre du programme Rhône-Alpes-CERN,
- Soutien aux entreprises avec le Fonds d’Innovation du Conseil Général du Rhône & Vouloir Entreprendre,
- Réflexion prospective sur la bioéthique,
- Participation au cycle de conférences Confluences des Savoirs,
- Organisation des "Journées de l'économie".

Dotée d’un budget modeste, la Fondation fait notamment appel aux collectivités locales et aux entreprises pour financer ses activités.