L'Eglise Réformée de Lyon appartient à la Fédération Protestante de France. Elle a été créée sous forme associative en 1906, suite à la loi de 1905 autorisant les associations cultuelles. L'association a d'abord une fonction religieuse : pratique du culte tous les dimanches, formation biblique, catéchèse. Elle propose aussi des groupes de discussions et de rencontres, des activités en direction de la jeunesse (scoutisme avec les "Eclaireuses et éclaireurs unionistes de France" (E.E.U.dF.), "Assises de la jeunesse à Lyon ", organisées avec l'Association Lyon 2000 débats...), une chorale, des concerts spirituels et des conférences. L'association dispose de 8 lieux de culte dans l'agglomération, dont certains accueillent des manifestations culturelles ouvertes au public. Les plus symboliques sont le Temple du Change, dans le Vieux Lyon (classé monument historique), le Grand Temple de La Guillotière et le Temple de la rue Lanterne.
Ouverte au dialogue avec les autres religions et la société civile, l'Eglise Réformée de Lyon, qui compte près de 10 000 membres, collabore avec d'autres églises protestantes, ainsi qu'avec des paroisses catholiques et avec l'Université Catholique de Lyon. Elle accueille à l'occasion des communautés étrangères (cambodgiennes, africaines, malgaches...), qui peuvent célébrer le culte dans leur langue et selon les traditions propres à leur pays d'origine.