Le Conseil Départemental assure le respect des lois et règlements qui régissent la profession : respect du Code de Déontologie, défense de l’honneur et de l’indépendance des médecins… Il a pour mission administrative essentielle l’établissement et la tenue du Tableau : tous les médecins libéraux, hospitaliers et retraités doivent s’inscrire pour pouvoir exercer dans le département. En ce domaine, il statue dans les cas suivants : autorisation d’installation, contrôle du libellé des plaques et des ordonnances, examen des contrats, reconnaissance de qualification. Le Conseil Départemental a également une mission de conciliation lors de conflits entre médecins ou entre praticiens et patients. Il est compétent pour saisir la juridiction en matière disciplinaire : le rôle juridictionnel s’exerce par l’intermédiaire du Conseil Régional en premier lieu, puis en appel par la Section disciplinaire du Conseil National, présidée par un Conseil d’Etat.

Le Conseil Départemental comprend 21 membres élus par les médecins inscrits au Tableau, pour 6 ans, renouvelable par tiers tous les 2 ans. Les conseillers départementaux de la région élisent les 11 membres du Conseil Régional. Celui-ci est appelé à prendre dans les années à venir un rôle également administratif, en plus d'être l'Instance disciplinaire de première instance.

Le Conseil National de l’Ordre des Médecins est constitué de 40 conseillers élus et pour certains cooptés. Interlocuteur des pouvoirs publics, il est chargé d’actualiser le Code de Déontologie. Le Conseil National de l’Ordre des Médecins participe à l’évolution de la profession en organisant des sections de travail : éthique et déontologie, exercice professionnel, formation et compétences médicales, santé publique et démographie médicale…