Le Cemagref est un Etablissement Public à caractère Scientifique et Technologique (EPST) sous la double tutelle des Ministères de la Recherche et de l'Agriculture. Il compte 9 centres régionaux, dont un basé à Lyon. Organisme de recherche sur la gestion des eaux et des territoires, le Cemagref-Lyon compte environ 100 agents répartis en 4 unités de recherche : biologie des écosystèmes aquatiques, qualité des eaux, hydrologie hydraulique et gestion des services publics.
Depuis sa création en 1981, il compte un centre de documentation destiné à répondre aux besoins d’information des ingénieurs-chercheurs du Cemagref et de leurs structures partenaires (Ministères de la Recherche, de l’Agriculture, de l’Environnement, INRA, CNR, Agences de l’Eau, Collectivités Locales…). Il a surtout une vocation interne.

Les ressources proposées par le centre de documentation concernent les thématiques suivantes :
- Chimie des milieux aquatiques
- Ecodynamique des sédiments
- Ecotoxicologie
- Epuration des eaux usées
- Informatique scientifique
- Hydroécologie
- Hydrologie / Hydraulique
- Pollutions diffuses
- Qualité des eaux
Le fond documentaire est constitué de près de 9400 références : ouvrages, dictionnaires, rapports, thèses, plus une importante collection de périodiques. La plupart des thèses soutenues ou en cours, sont en ligne sur le site Internet du Cemagref de Lyon. De plus, le centre de documentation dispose d’un grand nombre des publications du Cemagref, au format papier et informatique (pdf). Le prêt de ressources est possible uniquement pour les agents du Cemagref, ainsi que pour les structures partenaires, via leur centre de documentation (PEB - prêt entre bibliothèque).

La diffusion des ressources tend progressivement vers le « tout numérique ». En effet, le centre de documentation a de moins en moins vocation à recevoir le public, faute de temps et de moyens. Ainsi, c’est en format numérique (pdf) et via Internet que la transmission d’information se fait, au travers du portail IST (Information Scientifique et Technique) du Cemagref (http://ist.cemagref.fr). Animé par un service de la Direction Générale du Cemagref et un réseau de neuf centres ressources IST, répartis dans les différents centres régionaux, ce dispositif met à disposition des connaissances et accompagne les chercheurs dans leur démarche de diffusion et de valorisation de leurs travaux. Ainsi, différentes ressources du Cemagref sont consultables via Internet :

- Cemadoc (http://cemadoc.cemagref.fr) : base de publications et documentaires du Cemagref. Cet outil propose :

• les catalogues des fonds documentaires des différents centres régionaux du Cemagref. Concernant le Cemagref-Lyon, près de 9400 ressources sont référencées (actes de congrès, articles de revues, ouvrages, rapports et thèses).
• la base « Cemagref-Publications » qui présente l’ensemble des publications de nature scientifique ou technique rédigées ou co-rédigées par des ingénieurs-chercheurs du Cemagref. Il est possible de rechercher les ressources disponibles selon de nombreux critères (auteur, établissement d’affiliation, thème, type de document, année de publication…). Au total, près de 17000 ressources sont référencées et présentées succinctement sur Cemadoc. La consultation de ces catalogues est en libre accès sur Internet, mais l’obtention des documents est réservée aux centres de documentations et bibliothèques

- la revue Ingenierie-EAT qui s’adresse aux ingénieurs et techniciens intervenant dans les domaines de l’environnement et de l’aménagement, ainsi qu’à ceux qui les conseillent, les forment et les encadrent. Elle présente des résultats de recherche, des innovations techniques ou des synthèses des connaissances en ingénierie des milieux et des équipements notamment. Tous les anciens articles de la revue sont archivés et présentés par des notices sur le site du Cemagref.

- Les Editions QUAE réunissent l’offre éditoriale du Cemagref, ainsi que celle de trois autres centres de recherche : le Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD), l’Institut Français de Recherche pour l’Exploitation de la Mer (IFREMER) et l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). Plus de 900 titres consacrés à l'environnement, aux milieux et ressources naturelles, aux territoires, à la production agricole et à l'alimentation sont référencés sur le site Internet des éditions.

Trois personnes participent au fonctionnement du centre de documentation du Cemagref-Lyon, ainsi qu’au référencement des ressources et publications du centre régional sur les différents catalogues en lignes précédemment présentés. L’objectif du centre, à terme, est de diffuser davantage de publications en ligne via la base « Cemagref-Publications ».
Par ailleurs, le centre de documentation du Cemagref-Lyon participe à plusieurs réseaux documentaires.

• ADBS : Association des Professionnels de l’Information et de la Communication. Créée en 1963, cette association vise notamment à développer les échanges entre professionnels et à diffuser l’application de nouvelles technologies. Elle compte aujourd’hui près de 5000 adhérents.
• Couperin : il s’agit d’une association de mutualisation regroupant différentes structures : universités, écoles supérieures, ou encore organismes de recherche. Il vise à construire et développer un réseau national de compétences et d’échanges en matière de documentation électronique.
• Iamslic / Euraslic : Associations internationale et européenne des bibliothèques et centres d’information liés aux sciences aquatiques.