Acquis et restauré par le Grand Lyon, le Centre d’Initiation à la Nature du Grand Moulin est un lieu permanent d’éducation, de pédagogie et d’observation du milieu naturel. Depuis son ouverture en 1997, sa gestion et son développement sont confiés à la Maison Rhodanienne de l’Environnement (MRE). L’action du centre prend appui à la fois sur le passé et sur la réalité présente afin d’analyser, de dégager des leçons et d’acquérir des comportements respectueux envers la nature. Le projet pédagogique du CIN est diversifié (balades Natures thématiques, stages, veillées, ateliers, jeux, films, expositions…) et transdisciplinaire, au croisement de l’histoire, de la géographie et des sciences de la vie. 

L’objectif du CIN est donc double : mettre à disposition des enseignants et des éducateurs un site de découverte et permettre à une population de plus en plus urbaine, notamment les jeunes, de mieux connaître et respecter la nature. Sa particularité est de proposer un site pédagogique au cœur d’un espace naturel et de disposer de locaux et d’équipements permettant l’organisation d’animations en compléments des nombreuses activités de terrains (expositions, projections, observation et analyse d’éléments prélevés sur le site…).
Le CIN s’adresse essentiellement à un public scolaire, du primaire au collège, proposant des activités thématiques autour de l’eau, de la faune, de la flore, des paysages, de l’art, ou encore du patrimoine. Plusieurs formules d’activités sont proposées, de la visite ponctuelle aux projets sur plusieurs séances, les interventions étant encadrées par des animateurs spécialisés issus d’une dizaine d’associations partenaires membres de la MRE (FRAPNA, CORA, Oïkos, Naturama, Arthropologia, Fédération des Chasseurs du Rhône, Groupe de Recherche et d’Etude de l’Histoire de Craponne, Fédération du Rhône pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique …). Ces animations auprès des scolaires sont aux trois quart financées par le Grand Lyon. Le CIN du Grand Moulin s’ouvre également aux enfants dans le cadre d’activités de loisirs, au travers d’activités « création  », « découverte », d’ateliers de construction et de stages nature proposant de découvrir la faune et la flore sous plusieurs approches (scientifique, artistique, ludique, sensorielle…), ainsi qu’au grand public, le week-end.
Au total, 250 à 300 animations sont organisées par an, dont près de 150 auprès des scolaires. Les animations se concentrant principalement aux « beaux jours » (mars-juillet et septembre-novembre), le CIN souhaiterait une plus grande participation des classes et du grand public aux activités proposées en saison hivernale, période à laquelle la nature connaît aussi d’importantes transformations. D’autre part, la desserte en transport du site, et notamment le coût de celui-ci, semble, malgré un important financement des animations proposées, freiner l’attractivité et l’activité du centre.
Pour l’avenir, une deuxième tranche de travaux sur les bâtiments non encore restaurés est projetée, sans calendrier fixé à ce jour. Ce projet apporterait au CIN des locaux supplémentaires permettant de diversifier ses activités (espace exposition, salle de conférence…).

Situé dans la moyenne vallée de l’Yzeron, le CIN est bordé par la rivière et entouré de bois, de friches, de landes, de prés et de champs, servant de terrain d’action à ses activités. Ces espaces font l’objet d’un Projet Nature, à l’initiative du Conseil Général du Rhône, du Grand Lyon et des communes de Francheville et de Craponne. Ce projet, couvrant près de 300 hectares, a pour objectifs de préserver la diversité paysagère, de maintenir l’agriculture et de faire connaître le site tout en canalisant la fréquentation de celui-ci. En ce sens, deux sentiers de découvertes partant du CIN du Grand Moulin ont été créés. C’est dans le cadre de ce projet Nature que le Grand Lyon a fait l’acquisition des bâtiments du Grand Moulin, trouvant le potentiel pédagogique du site intéressant, et que des conventions entre le CIN et des propriétaires fonciers privés ont été établies, permettant au centre d’utiliser des espaces naturels privés dans le cadre des animations qu’il propose.