Emanation de L'Eglise Réformée de Lyon, l'Association Lyon 2000 débats est née du désir des membres de cette église de sortir du cadre cultuel pour engager une réflexion approfondie sur les problèmes contemporains avec différents acteurs de la vie civile et religieuse. Créée à l'occasion du Synode de l'Eglise Réformée, qui s'est tenu en l'an 2000 à Lyon, elle veut permettre à ses membres d'affirmer des convictions, de se positionner par rapport aux grands courants de pensée actuels et de trouver des partenaires pour réfléchir sur des questions de société. Pendant le synode, Lyon 2000 débats a organisé diverses animations ouvertes à tous : expositions, chorales, café théologique, spectacles de poésie, danse, théâtre, soirées musicales pour les jeunes... L'association a également organisé "Les Assises Jeunesse" (4 jours de réflexion), ainsi qu'un cycle de 3 conférences sur les thèmes de "L'économie mondiale et la justice sociale", "La biotechnologie" (avec le président du Conseil national d'éthique, Didier Sicard) et "Spiritualité et citoyenneté" (avec la participation du philosophe Paul Ricoeur).
Bien que créée pour un événement exceptionnel, l'association a la volonté de perdurer. L'an prochain, des conférences seront organisées en partenariat avec l'Université Catholique de Lyon, dans les locaux de celle-ci. Elles auront pour thème "Les sectes", "Le(s) génocide(s)", et "Réformer".